
Ubuntu日本語フォーラム

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Ubuntu12.04 に iPython notebookを簡単にインストールする Yutube を見つけたので報告します。
iPython Notebook Easy Install into Ubuntu Desktop
http://www.youtube.com/watch?v=llX5bn1_BF4
Snaptic パッケージマネージャを使ってインストールする方法です。
このように簡単にインストールできるのは素晴らしいと思います。
Mathematica 風なノートブックを使っているので興味を持ちました。
SAGE と iPython notebook は似ています。
逆に文法的にどこが違うのか分からなくなってきました。
今後が楽しみです。
オフライン
iphyon の使い方が載っているウェブを見つけたのでここに記します。
ipython notebook を用いた、データ解析の方法
http://life.ess.sci.osaka-u.ac.jp/katsura/ipython_notebook/intro_data_analysis.htm
実験屋の為のIPYTHON NOTEBOOK 目次
https://sites.google.com/site/makotokatsura4ipythonnotebook/ipythonnb4jpnexp
IPython Interactive Computing
http://ipython.org/
参考になれば幸いです。
オフライン
ターミナルから $ipython notebook を入力するとノートブックの作成と編集ができます。
ノートブックのファイル名は test.ipynb のようになります。
夢のような話ですが、このファイルを右クリックしてノートブックを開くことができれば大変便利なのですが、方法はないものでしょうか?
背景:
Mathematica ノートブック test.nb を右クリックすると Mathematica が立ち上がり開くことができます。重宝しています。
これと同じことが ipython ノートブックでもできればと思い質問した次第です。
オフライン
Snaptic を使って ipython をインストールする方法をお知らせしました。
最近、 ggplot をインストールしようと Snaptic を開いたのですが、ggplot が見つかりません。
このパッケージのホームページにが pip install ggplot が載っています。
https://github.com/yhat/ggplot/
質問
1. このような場合、 pip をインストールして pip install ggplot を実行した場合、python パッケージの管理に不具合は起こらないものでしょうか。
2. python のバージョン管理の方法について教えていただければ幸いです。
なを、Mac も使っていますが、brew と pip を使って管理しています。
よろしくお願いします。
オフライン
iPython の使い方が主目的には最適と思います。登録すれば使えます。
Wakari.IO Web-based Python Data Analysis を見つけた。
オフライン
IPython から Sage関数を使う方法を知りました。設定の方法が blog に書いてある。
$ sage -ipython notebook
で立ち上げ、最初のセルに次を書けば Sage関数 が使えるようになる。
from sage.all import *
Sage では 特定のディレクトリが使われファイルシステムに不便を感じていた。
ipython の環境では起動したディレクトリにノートブックが保存される。Sage の特定ディレクトリから解法される利点がある。
オフライン
IPython がアップデートされ 2.1.0 になっている。 5月 2014
さらに、 Sage も 6.2 にアップデートされている。Ubuntu 14.04 対応のみがある。
Mac OS X Maverick に VMware Fusion 6 を使って Ubuntu 14.04 をインストールできたので、Sage 6.2 をインストールし、
$ sage -ipython notebook
で利用できるかテストした。インストール方法は次に書いてあります。
http://mmays.hatenablog.com/entry/2014/03/30/135552
オフライン
iPython Notebook Easy Install into Ubuntu Desktop
http://www.youtube.com/watch?v=llX5bn1_BF4
Snaptic パッケージマネージャを使ってインストールする方法です。
この方法で Ubuntu14.04 に ipython notebook をインストールできたので報告します。
バージョンは次でした。
$ ipython
python 2.7.6
ipython 2.1.0
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最近、Ubuntu 14.04 に Anaconda を使って IPython をインストールしました。
当面必要なパッケージが同時にインストールされるので大変助かります。
http://ipython.org/install.html
~/anaconda/ にインストールされる。
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Ipython notebook を Gist と nbviewer を使って公開できることを知りました。
http://mmays.hatenablog.com/entry/2014/10/12/143357
これは素晴らしい環境と思います。
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最近、IPython のクックブックが出版されました。
Ipython Interactive Computing and Visualization Cookbook
入門編は
Learning IPython for Interactive Computing and Data Visualization
Amazon.co.jp で検索できます。
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オフライン
IPython notebook で Octave を実行できます。次に載せました。
http://mmays.hatenablog.com/entry/2014/10/19/140912
オフライン
IPython をアップデートしたところバージョンが 3.1.0 になっていた。
ノートブックを開くと左上に jupyter が表示されている。
以前のバージョンでは IPython になっていた。進化していることを実感した。
http://mmays.hatenablog.com/entry/2015/05/03/170030
オフライン
IPython 3.0 は IPython 2 と大きく変わっていることを知った。
Jupyter がすごい勢いでやってくる
先月末(2015/02/27)のIPython 3.0のリリースでIPython Notebookが大きく変わり、(まだ開発版ですが)Rとの連携もかなり楽になりました!というか今後はRだけでなく、Juliaや他の言語もカバーする方向に進むそうで、特定の言語に依存しない部分をJupyterという別プロジェクトでやっていくそうです。
IPython 2 で動いていたノートブックが Ipython 3 (jupyter) で動くのかチェックしてみようと思う。
情報交換をお願いします。
オフライン
Ipython 3 ( jupyter ) にアップデートした後、R を利用するため次コマンドを入力したところエラーが発生した。
%load_ext rpy2.ipython
Jupyterがすごい勢いでやってくる(IPython+R) に問い合わせて、試行錯誤した結果次のコマンドで解決した。
$ pip install rpy2 --upgrade
オフライン
Anaconnda の ipython を使っているので次の書いてある方法で簡単にアップデートできました。
http://mmays.hatenablog.com/entry/2015/05/03/170030
現在のバージョンは以下です。
$ ipython Python 2.7.10 |Anaconda 2.0.1 (64-bit)| (default, May 28 2015, 17:02:03) IPython 3.1.0 -- An enhanced Interactive Python. Anaconda is brought to you by Continuum Analytics. Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
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IPython notebook で pexpect を使用して GAP を実行できたので報告します。
http://mmays.hatenablog.com/entry/2015/05/03/160923
初期設定は次のようにしています。
import pexpect
child = pexpect.spawn('/user/local/bin/gap')
child.maxread=1000
child.expect('gap> ')
def get(line):
global child
child.sendline(line)
child.expect('gap> ')
print child.before
gap('1+1;')もっと良い方法がありましたらコメントをお願いします。
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Ipython 3 にアップデートしたので ggplot の使用テストを行ったみた。
残念ながら、 ヒストグラムを描く geom_histogram() のところでエラーが発生することが分かった。
Yutube で ggplot の使用例を見ることができるが IPython 2 を使っています。
Ipython はバージョンアップして Ipython 3 になっているが ggplot はそれに対応していないように思われます。
情報をお持ちでしたら教えていただければ幸いです。
インストールは次で行いました。
$ conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot # 環境 $ ipython Python 2.7.10 |Anaconda 2.0.1 (64-bit)| (default, May 28 2015, 17:02:03) IPython 3.1.0 -- An enhanced Interactive Python. Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
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"ggplot のヒストグラムを描く geom_histogram() のところでエラーが発生する"
この不具合を stackoverflow に問い合わせたところ ggplot の開発者から回答があったのでここに載せます。
geom_histogram() in python ggplot does not work on IPython 3
It's a incompatibility between newer pandas and ggplot.
Either fix it yourself (it's just a replacement of "row" to "index": github.com/yhat/ggplot/issues/417#issuecomment-118152169)
or downgrade to an older pandas version.
OR wait for a newer ggplot version, which could take a while :-( – Jan Schulz
近々 ggplot の新バージョンがリリースされるようなので期待しています。
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現在の ggplot 0.6.5 と pandas 0.16.0 の組み合わせで不具合がある。
現在の ggplot 0.6.5 と pandas 0.15.2 の組み合わせならば問題は起こらない。次でインストールできる。
conda install pandas=0.15.2
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最近, IPython notebook について気軽に質問できるフォーラムを見つけたのでお知らせします。
IPython Nitebook (初心者向け) 日本語フォーラム
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最近、Jupyter Notebook について説明した本を見つけた。
Learning IPython for Interactive Computing and Data Visualization - Second Edition [Kindle版]
第1版(2013) と較べるとこの間の劇的な進歩がわかります。
「IPython に関する本」についてまとめてみました。
http://mmays.hatenablog.com/entry/2014/10/19/140729
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Learning IPython for Interactive Computing and Data Visualization - Second Edition [Kindle版]
の本に、ノートブックを起動するには次と書いてある。
jupyter notebook
現在使っているものは ipython notebook で起動できるが jupyter notebook を使えない。検索した結果、次でアップデートすると使えるようになった。
conda install jupyter
使い始めなので不具合などの情報交換できれば幸いです。
参考: http://mmays.hatenablog.com/entry/2015/11/02/185226
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"R kernel for Jupyter" を Ubuntu 14.04 にインストールできたのでお知らせします。
これで Jupyter から R カーネルを選択してノートブック上で R を使うことができる。素晴らしい環境と思います。
Ipython ノートブックで R を使うには Rmagic を介して使うことはできたが面倒でした。
Jupyter ノートブックでは、 R そのものを書いて実行できるので理想的な環境と思います。
参考:
R kernel for Jupyter のインストール
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リンクアドレスが違ってました。
R kernel for Jupyter のインストール
http://mmays.hatenablog.com/entry/2015/11/03/211141
R kernel for Jupyter のインストール
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Jupyter を使用した本が出版されていたが、最近、日本語訳が出版されました。
Learning IPython for Interactive Computing and Data Visualization, Second edition
IPythonデータサイエンスクックブック ―対話型コンピューティングと可視化のためのレシピ集 大型本 – 2015/12/25
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