http://blog.cnu.jp/2014/05/12/use-xkb/
http://www.charvolant.org/~doug/xkb/html/index.html

こちらのページを参考にキーバインドをかえることを行ってみました
例えばですが、普段は入力メソッドとしてdvorak英語を使っているので、
それではキーが設定されていない<AE98>にチルダを設定してみるなどです。

しかし入力メソッドをdvorak→mozcに変更したりすると設定が消されてしまいます。
そこでまたdvorakにしてもやはり設定が消えておりもう一度xkbcompのコマンドを実行する必要があります。

どうにか入力設定を入力メソッドを変更しても保持できるようにできませんでしょうか？

使っているディストリビューションはubuntu15.04で、fcitxを使っています。

まだubuntuを使い始めて間もないのですが、この問題に関係あるのではないかと私が思うものを挙げます

fcitxの設定で「入力メソッドの切り替え」で設定ctrl+shiftが聞かないので「入力メソッドのオンオフ」のところで設定したものをつかって入力メソッドを切換ていること
もしくはubuntuのシステム設定→入力メソッドで設定した方法で入力メソッドを切換えたりしていること
gnomeをインストールしたことが影響しているのではないか

よろしくお願いします。