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YesKah様、アドバイスをありがとうございます。

YOCTOのフォーラムを探して投稿し、聞いてみます。

YOCTOの方は、動いているのをHDDにコピーしてもらい、それをうちのVMWare上のUbuntuにコピーしようとしています。
ですので、コピーの仕方の問題かな、とも考えています。
（今まで、Windowsを使っていたので、Linuxは初心者状態です......）

色々やっているのですが、nautilusはルート権限でコピーしてもシンボリック等はうまくコピー出来ないのかな、という気がしてきました。

YesKah様
3.5inchをUSBアダプタ経由で読み込んでいます。
その辺も問題なのかもしれません。
もう少し、調査してみます。

ありがとうございました。