ご指摘ありがとうございます。

バージョンはUbuntu7.10です。
最新アップデートは完了しています。
マウスはLogicoolのMarble MouseをUSBで接続しています。
synapticの操作をしている際に、ポップアップが表示され、マウスからの操作を受け付けなくなりました。

以前は正常に動作しており、今もポインタ自体は動かすことができるので、ドライバの問題ではないと思います。

別のマウスを使用したら正常に動きました。（わずかに今までより全体の動作が不安定なような気がします）
しかし、問題は解決していないと言うよりも、謎が深まりました。

まず、問題のマウスでは、起動直後は正常に動きます。
さらに、ウインドウでクリックできる部分とできない部分があるようです。
たとえば、compizの設定画面では、ウインドウの左側の項目を選ぶ部分は選択（左クリック）できますが、右側のチェックボックスがある設定画面はクリックが左右ともに一切効きません。（compizの3Dに問題があるのかと思って切ろうと思いました。現在は3D効果はキーボード操作で切り、使用していません）
また、正常に動作するUSBマウスから、問題のマウスへUSBの差し替えをすると、しばらくの間は正常に動作します。

どうやら、ubuntuが「問題のあるマウス」だとハードウェアを認識した時点で、クリックする権利が剥奪？されるような状況になっています。

できれば、今まで使えていたマウスを使いたいので、どなたか解決方法をご教授ください。

もうひとつある同じ型のマウスに交換するという形で解決しました。

問題のマウスは別のパソコンのWinXPで正常に動作しています。

原因がハードかソフトかはわかりませんでしたが、いちおう解決ということで報告させていただきます。
ご協力ありがとうございました。

随分古いメッセージに対するコメントですが、私も今日、同じような症状で悩まされましたので、記録としてこちらへコメント致します。

私の場合も、起動直後は快適に操作できますが、しばらくするとマウスの動きがぎこちなくなり、使用が困難となります。APM関連かと思い、それらしい常駐プロセスを調べたり、フラグを変更してみましたが、変化はありませんでした。次にBIOSのパワーマネージメント系を切って見ましたが、改善されませんでした。マウスのバッテリーを交換しても同様です。

ふっと、ノイズの影響が頭を過り、これまで接続していた筐体背面のHDMI端子横のUSB端子から、前面のUSB端子へ差し替えたところ、改善されました。

マウス：Microsoft Sculpt Ergonomic Mouse Model 1560 (Wireless)