もっとバージョンが古い時に同じような経験があります。
その時は結局、Ubuntu , Clonezilla のバージョンが上がっていって知らずのうちに動作したような記憶が朧気ながらあります。
当時初心者でしたし。

あれから Cloneziila 自体にバックアップ前に fsck を実行する機能が追加したりしていますから確かめやすくはなっています。

自分の環境では起動できないので試していただくと助かるのですが、ubutu15.10 あたりとUSBメモリーとかにインストールして頂いて、Clonezilla2.4.2-61でバックアップできるでしょうか？
当たり前ですが、確かめる前には正常動作するバージョンでバックアップしておいてください。

今ちょっと別件でバタバタしてるので、それが片付いて時間が取れたら、少し検討してみます。（まずはUSBメモリの確保からですが。^^;)

尚、Ubuntu15.04では、以下のトラブル（技量不足も有り）で予定外に時間を食って疲れました。orz

１）Windows＆Ubuntu14.04LTS接続状態だと、手動設定インストールしか出来ず、結局Boot不可。

　　　⇒　インストール途中で、Windowsに上書きや14.04LTSのアップグレードのメニューがでて、それ以外だと、パーティション作成から全て設定するメニューしか選べなかった。

　　　　　「SWAPが無いけどいいのか？」とか「ルート（だったかな？）を設定しろ」だの、Ubuntu14.04LTSインストール時には、必要無かった事を要求され、何とかパーティション作成やBootシステムの指定、ルート？の設定をして、インストール作業は最後迄進みましたが。起動がどうしても出来ず駄目。

　　　　　※多分、ルート？に「/」を指定したのがマズカッた気が・・・。

２）Ubuntu14.04LTSを外したら、今度はWindowsのドライブ以外にインストールを選択出来て、たまたま今回追加したSSDが指定され、パーティションも自動で作成されて最後までＯＫ。起動しました。(^o^)

　　　 ⇒　しかし起動時に、14.04LTSには無かったBootメニューが出てきて、これがWindows起動時にも出る始末でした。どうやらBootメニューを勝手（親切？）にWindowsのドライブに作成した様です。(- -;)

　　　　　自分の見解では、後からインストールしたOSが、既にインストール済みなOSにBootメニューを作るのは、ハッキリ言って困ります。（因みにOpenSUSE13.2では、openSUSE側にBootメニューを作ってくれてます。）

　　　　　※結局、Windowsを暫く前にバックアップしたシステムデータからリストアして、元に戻した。

３）Windows側のBootメニューを削除したら、ubuntu15.04を起動出来なくなった。

　　　⇒　BIOSメニューで、いくら15.04をインストールしたSSDを指定して起動しても、Windows起動に飛んでしまう。（WindowsのSSDをBIOSメニューでBootから外しても駄目。）

　　　　　※但し、後から気づきましたが、もしかしたらUEFIじゃないドライブを指定してたかも？ですが。

尚、15.04に使ったSSDは３）で使えなくなった為、既に初期化したので、今から再検証は出来ません。
どうせ今度の１月でサポートが終わる様だし、余程でないと再々インストールはご勘弁な気分です。SATA2デ、オソイシ
（まあCloneZillaでバックアップしたファイルは未だ残ってますから、レストアは出来ますが、Bootメニュー無しじゃあ起動出来るかどうか・・。）

以上、長くなりましたが14.04LTS迄しか経験のないユーザーの方々に、参考になれば幸いです。


P.S
14.04LTS迄しか確認がとれてないらしい、Unity launcher Folders は15.04でも問題無く使えました。
（うちのubuntu14.04LTSで使ってる、数少ない非デフォルトなユーティリティです。）