これは次のような展開でしょうか？

　・UbuntuとWindowsをデュアルブート構成にしている。
　・Ubuntuを起動した後にWindowsを起動すると、「Windowsは予期しないシャットダウンから回復しました」というメッセージが出てきてしまう。

というような話であればここで扱った方が良いと思いますが、特にUbuntuが関係ないようであればそれを専門にするフォーラムに行く方がマトモな解決策をえられる気がします。