１：質問の内容が不明なので・・・パス
２：mint本家からのダウンロードは遅いので、速いミラーに変更した方が宜しいです。
　日本のミラーだと安心感が有りますね、私はtsukubaにしてます。
　台湾のミラーも速いです、米国と欧州は遅いです。
３：気になるなら設定するで宜しいかと・・・
　私は設定してません。
４：nemo（ファイルブラウザ）で階層を辿って行けば、Windowsと同様に削除などの操作は出来ます。
　階層を辿るより端末を起動して処理した方が遥かに速いのです。