xp による投稿:

圧縮ファイルを展開？解凍？（用語理解不完全）するときテンポラリ領域に一時ファイルが作成され、ウインドウズの場合ファイル断片化を促進するゆえに、

「展開済み」を保存して「展開元」は削除すべし。みたいな教えを、ウインドウズ時代に聞きました。
ubuntuでも原理はいっしょと思う。

グーグル検索したがよくわからない。どう思います？

「いったいどちらを保存すべき」なのでしょうか？　どーすることが一番「合理的」？

（文章の意味がとりづらいと思いますが、よろしくおねがいします。）

元々、分散して書き込まれるので、あまり、考えなくても良いのではないでしょうか？
参照：
http://www.geekpage.jp/blog/?id=2006/8/22
http://www.obenri.com/_dialy/linux_defrag.html