xp さん

インストールしたアプリケーションが、ソフトウェアセンターや apt-get で
インストールされたものであれば、autoremove を実行しても問題ないと思います。

ただし、自分で作ったり、どこかのフォルダに任意にインストールした
アプリケーションがあるのであれば、ソフトウェア管理ツールの管理外なので、
削除しないほうがいいでしょう。

まぁ、削除しても、その削除の後にアプリケーションが動かないと思ったら、
インストールし直せばいいだけの話ですが…。