SSDBはNTFSフォーマットのドライブということでよろしいですか。
そうであれば、以前に似たような件で投稿したことがありますので再掲します。

＞Windows xp 時代には同じことをやって全く問題ありませんでした。
しかし、Windows10（Vista,７，８についてはわかりません）はntfsフォーマット
のフォルダは勝手にWindowsのものと解釈し、Indexやファイルを付加したり、
パーミッションを変更したりします。
このため、しばらくするとLinux側から読めなくなります。結局、ntfsとext4
の二つフォルダをつくり、マニュアルで同期させています。ntfsついては
１．ドライブ名を付けない。
２．Indexを付けない設定にする。
３．当該フォルダでSystemに権限を与えない。
４．User名をWindowsとLinuxで同じにし、パーミションを開放する。
と、しています。これでいいのかどうかよく分かりませんが特に問題は出ていません。＜

その後不具合は出ていませんので、上記３が効いたのではと思っています。
ただし、Varithさんの場合、Windows側で不要なファイルを削除して置か
なければなりません。