対応策 → 既存のランチャー３点を削除。デスクトップ上で、Create Launcherを使用し、同一内容で任意のアイコンのランチャーを作成しました。

追記：「ROOT権限でファイルマネージャーを開くデスクトップ・ショートカットの作成方法」の記載がありましたので、ご参考まで。


★Ubuntu - How to start File Manager as root [desktop shortcut]


First Step: Launch Terminal

Using the Unity Logo on top type Terminal then copy and paste (Shift+Ctrl+V) this command:

sudo apt-get install gksu

hit Enter, type your password and install gksudo.

After the installation of gksudo type this command:

sudo gedit /home/username/Desktop/filemanager.desktop

You need to replace username with your own user name. You may replace filemanager with any other name as long you use the .desktop extension.

Alternative you can also simply type: sudo gedit and use the File Save command to save your file (using the .desktop extension) to your home desktop folder.

As soon the editor opens copy and paste the following commands:

[Desktop Entry]
Name=filemanager
Exec=gksudo -k -u root nautilus
Type=Application
Icon=/home/username/Downloads/file-manager.png

The last entry Icon is optional, you would need to download an icon and save it then replace file-manager.png with your own icon image.

Use the Save/Save us command, double check that you use the correct file extention, .desktop and save the file to your home desktop.

As a last step (after saving the file) you need to RIGHT click go to Properties and click Allow executing file as program.


☆引用元：ttps://www.linkedin.com/pulse/20140710083011-149554470-ubuntu-how-to-start-file-manager-as-root-desktop-shortcut

私は Xubuntu 14.04 LTS を利用しています。
Xubuntu 16.04 に関してはわかりませんので 14.04 について説明致します。

まずは

http://docs.xubuntu.org/1404/settings-preferences.html

の

Changing your desktop themes

を参照してみて下さい。

文中、 Settings Manager は「設定マネージャー」、 Window Manager は「ウインドウマネージャー」また、 Appearance は「外観」です。
尚、貴殿の投稿（#1）にあるデスクトップのアイコンを変更するには 「設定マネージャー」 > [外観」 > 「アイコン」 のタブへと進み、任意のアイコンテーマを選択すれば変更できます。
また xfce-look.org などで気に入ったテーマをダウンロードしてきたり、あるいは自作した場合などは、まず ~/.themes と ~/.icons というフォルダを作成し、テーマは .themes へ、アイコンは .icons に保存してログインし直せば、先ほどの「外観」にも反映されて変更可能となるはずです。
この方法は、現在ログインしているユーザーのみに有効で、テーマの追加や削除、また自作の場合は修正が安全、簡単かつ自由にできて良いと思うのです。
万が一、質問の趣旨に沿わなければあしからず御免なさい。