ご質問の趣意に合うかどうかはわかりませんが、以下が参考になるかもです。
親指シフト（NIKOLA配列）使用の場合についても述べられています。

http://gihyo.jp/admin/serial/01/ubuntu-recipe/0417

ご参考まで。

14.04 系列の Linux Mint 17 に、Fcitx-Anthy / Nicola を
インストールしたことがあります。一度入れてみたものの、
直ぐ ibus-anthy / Nicola に戻してしまい、Fcitx-Anthy / Nicola
のことは、いまひとつ分かりませんが。

どこだったかは思い出せませんが、12.04 などでは、
強制終了 Ctrl + Alt + Backspace をチェックして
有効にさせる、といった項目の並び辺りかに、もう一つ
Nicola-A を選択する項目もあったような記憶があります。

物理的に親指左キー&親指右キーのある、高価な親指シフト
専用キーボードを用いた親指シフト / Nicola 入力でなく、
通常のキーボードを流用した親指シフト / Nicola でしたかな。

ibus-anthy / Nicola のキーボード・レイアウトの簡易設定には、
Nicola-A、Nikola-F、OASYS 型などの選択肢もあります。

変換後の確定に、Enter / 改行キーを押すような仕様、設定も、
変更出来そうですが。ブライドタッチではないですが、
表示キーと実際の入力キーの違いなどともに、これはこれで
慣れてしまいました。

キーアサイン消失のバグのような・・・
こちらをご参照ください↓
http://bit.ly/1Qr5l9U

あぁ、ごめんなさい。
PPAを覗けばわかるだろうと思って書かなかったのですが、
trusty(14.04 LTS)には対応してもらってます。
※7のメールログからたどるか、下の直接リンクからどうぞ↓
https://launchpad.net/~japanese-testers/+archive/ubuntu/fcitx/+packages

時間が取れましたので、お教えいただいたfcitx-anthy_0.2.1-3ubuntu1~ppa1~trusty1_amd64.debをインストールいたしました。
これでおっしゃられているバグは取り除かれたのだとは思いますが、症状はそのままの状態です。
もしNicola仕様の(キーバインド)設定がお分かりの方がおられましたらお教えいただけませんでしょうか、よろしくお願いいたします。

santaomura2さん、hoc_ageさん、gellcyさん、そして、みなさんのおかげで、Fcitxの設定ファイルを削除し再起動させましたら正常に入力出来るようになりました、ありがとうごさいます。