パソコンが Vista を起動できなくなったとき、デスクトップに保存しておいたファイルを取ろうと、Ubuntu で起動して、出てきた usr というフォルダを外付けハードディスクに保存してしまいました。あとからわかったことですが、その usr というフォルダにはデスクトップのファイルなど入っていなくて、単に Ubuntu のデータフォルダだということがわかりました。しかしこのフォルダ、中にけっこう入っていて、簡単に削除できません。
コマンドプロンプトによる削除数種、名前を変える、新しいフォルダを作って上書きする、セーフモードで起動して消してみる、Unlocker という削除ソフトで消す、などをためしてみましたが、今のところまだ消せていません。
Unlocker は英語版が起動されてきたのですが、消そうとしたら、「これにはロックがかかっていません」といったような説明が出ていたような気がします。
もう一度 Ubuntu で起動させて、外付けのそのフォルダを削除してみましたが、見た目は消えたものの、Vista で起動してみると、外付けに変な名前のフォルダができていて、その中にしっかりとフォルダは残っていました。

今ではフォルダの名前が 01 などとなっていますが、どんなことをしても消えません。
右クリックから削除しようとすると、「この項目は見つかりませんでした。次の場所にはありません。この項目の場所を確認してから再実行してください」
: F:￥　再試行　キャンセル　という選択肢が出ます。
それでも中身のファイルから、消せるファイルは消していって、初めは数GBあったものが今では 1.98 MB　ディスク上のサイズ：12.9 MB まで少なくなりました。しかし、ファイル数　3258　フォルダー数　18 になっています。（プロパティ上）
なんとかして削除したいのですが、助言や思い当たることなどがありましたら、教えてください。
外付けハードディスクをフォーマットするのは最後の最後の手段としたいです。

これからやってみようと思うことは、「完全削除」というソフトで削除してみる。
他掲示板で教えてもらった rm コマンドで削除するという方法があるようですが、今のところ手順などがまったくわかっていない状況です。
マイクロソフトコミュニティで質問をしたところ、こちらのフォーラムを紹介していただきました。
Vista と Windows 10 を使っています。

もし何かわかりましたら、よろしくお願いします。