私のPCはマザーボードに2台のHDDが繋がっており、それぞれ次のような構成です。

HDD1（プライマリ）：Windows10のみ

HDD2（セカンダリ）：Windows10とUbuntuのデュアルブート環境

※BIOSはUEFI

で先日、HDD2の方のUbuntu14.04を、16.04へアップグレードしました。
それ自体は成功して、新しいGrubが構成されUbuntuと2つのWindows10が選択できるようになっています。

ところがその直後から、HDD1のWindowsの起動が遅くなってしまいました。今まで直ぐにログイン画面が出て40秒足らずで起動していたものが、その倍はかかるようになりました。
因みにWindowsの「高速スタートアップ」は以前も今もONにしています。またセキュアブートにしたり不要なサービスを停止するなどしましたが、起動時間は殆ど変わりません。

もしかしたらWindowsの中だけの問題かも知れませんが、HDD2に構築されたブートローダーがHDD1のWindowsの起動プロセスに何らかの影響を与える事があるのでしょうか？

とりとめない話で恐縮ですが、何かアドバイスがありましたらご教示願います。