進展と言いますか、自己解決かも？な状態となりましたので、ご報告させていただきます。

結果から申し上げますと・・・
・プチフリは直ったようだ。
・質問で説明していない部分に問題があるのかも？
（関係ないと思い詳細を省かせて頂きましたが、それが問題なのかもしれません）

です。一応、長文ですが今まで自分をしたことを整理してみましたので、詳細を書き込ませて頂きます。

＊＊　投稿前に遡る・・・　＊＊

(1) RAID が組めたので、アクセスがないときはスピンダウンしようと考え、hdparm を使うこととした。
一応、-y オプションで強制停止した場合、sdb はスピンダウンしたので、問題ないと考えた。

(2) /etc/hdparm.conf へスピンダウンの設定を書き込んだ。

（抜粋ですがこんな感じです）
/dev/sdb {
       spindown_time = 300
}

/dev/sdc {
        spindown_time = 300
}

(3) リブート後、sdb はスピンダウンしたが、sdb がスピンダウンしなかった。

(4) ？と思い。コマンド hdparm -S 60 /dev/sdb でスピンダウンを設定したが、
sdb はスピンダウンしなかった。（sdc はコマンドでもスピンダウンを確認）

(5) sdb が WD 製なので intellipark が問題と考え、idle3ctl で無効化してみたが、
スピンダウンしなかったので intellipark は無関係な様であった。
（ちなみに、intellipark の設定は無効のままとした）

(6) いろいろ調べていると、hd-idle を使うと良いとあったので、試したところ sdb のスピンダウンに成功した。

(7) hd-idle をシェルスクリプトで起動時に実行する様にした。

（抜粋ですがこんな感じです）
echo "$PASS" | sudo -S /usr/local/bin/hd-idle -i 0 -a sdb -i 300

(8) リブートしてみると、2台の HDD が 5分でスピンダウンするのを確認した。

(9) 使っているうちに、動画のプチフリに気がついた。
（ちなみに、使用しているプレーヤは VLC です）

＊＊　この段階でこの質問を投稿させて頂きました　＊＊

＊＊　ここからが、投稿後です・・・　　　　　　　＊＊

(10) いろいろやって、再起動を繰り返していたところ、いままでスピンダウンしていた sdc がスピンダウンしなくなった。

(11) コマンドで sudo hdparm -S 1 /dev/sdc を設定したところ、5s 後にスピンダウンしたので、hdparm は動作する様であった。

(12) /etc/hdparm.conf の設定がそのままであることに気がついた。
sdb は hd-idle でスピンダウンしているが、/etc/hdparm.conf の設定も残っていた。

(13) /etc/hdparm.conf から sdb の設定をコメントアウトしてリブートしたが、依然として sdc はスピンダウンしなかった。

(14) コマンドで hdparm -S する分には動く様なので、
hd-idle を自動起動しているシェルスクリプトへ hdparm -S のコマンドも一緒に書き込んだ。
また、/etc/hdparm.conf　の設定も削除した。

（抜粋ですがこんな感じです）
echo "$PASS" | sudo -S /usr/local/bin/hd-idle -i 0 -a sdb -i 300
echo "$PASS" | sudo -S hdparm -S 60 /dev/sdc

(15) 再起動すると、sdb、sdc ともにスピンダウンすることを確認した。

(16) 動画を見てみるがプチフリは発生しない様であった。

＊＊　現在ここです　＊＊

結果として・・・
・　以前同様 再生中 sdb は idel、sdc は standby となるが、
raid へ書き込みを発生させ sdc を standby -> idele へ移行させても
動画のプチフリは起こらなくなりました。

で、結局何がいけなかったのか？

・hdparm で sdb がスピンダウンできないのには別な理由があるのに、hd-idle を使用したのがそもそもの間違い？
・/etc/hdparm.conf での設定と hd-idle の相性が悪い？
・ならば、hd-idle だけ使うべきなのだろうか？
・でも、hdparm コマンドは正常な様なので、hdparm と hd-idle の起動順が問題なのかも？
・というか、シェルスクリプトで起動時の処理を書いてもいいものなのだろうか？
・VLC のキャッシュが効いてるだけなのかも？

などなど、疑問だらけであり釈然としませんが、再起動しても問題ないようですので様子を見てみますが、
なにか気がつくところがございましたら、よろしくお願いできればと思います。