/etc/clamav/clamd.conf に User root と設定し、
# /usr/bin/clamdscan --move=/var/infected -l /var/log/clamav/clamdscan.log /
と実行すると、次のとお失敗します。
--------------------------------------
/: lstat() failed: Permission denied. ERROR

----------- SCAN SUMMARY -----------
Infected files: 0
Total errors: 1
Time: 0.001 sec (0 m 0 s)

ところが、/root をスキャンすると次のとおり成功します。
# /usr/bin/clamdscan --move=/var/infected -l /var/log/clamav/clamdscan.log /root
--------------------------------------
/root: OK

----------- SCAN SUMMARY -----------
Infected files: 0
Time: 0.073 sec (0 m 0 s)

/var, /usr, /home とかのスキャンも失敗します。

各ディレクトリのパーミッションは次のとおりです。
# ls -ld / /root /usr /var /home
drwxr-xr-x 26 root root 4096  2月  5 00:44 //
drwxr-xr-x 20 root root 4096  1月 14 11:31 /home/
drwx------  5 root root 4096  2月 12 21:23 /root/
drwxr-xr-x 11 root root 4096  1月 22 09:46 /usr/
drwxr-xr-x 16 root root 4096  2月 12 09:49 /var/

関連プログラムの実行状況は次のとおりです。
# ps ax -f | grep clam | grep -v grep
clamav     962     1  0 18:45 ?        Ss     0:00 /usr/bin/freshclam -d --foreground=true
root       973     1  0 18:45 ?        Ssl    0:20 /usr/sbin/clamd --foreground=true

/root 以外のディレクトリをclamdscanでスキャンするにはどうすればよいでしょうか？

2017 Feb. 12.