Ubuntu JapanのスタッフあわしろいくやさんのRecipeが御参考に、なるかと。
http://gihyo.jp/admin/serial/01/ubuntu-recipe/0467

解決しました。

最終的にはUbuntu Gnome 16.10 へ
http://soundescape.b.dlsite.net/archives/70342704.html

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原因は言語周りを英語で設定していたことでした。
先のUbuntuのメディアを提供してくれた知人が「英語ができるのであれば、英語のドキュメントを読みながら仕事を進めるとよいですよ。」と言ってくれたこともあって、英語の環境にあわせようとしたんですよね。

結果としてmozcが何故か見当たらないみたいな状態になってしまいました。

language-selector-gnome

を利用して確認すると英語のみ選択されています。
設定から、地域と言語を立ち上げて、それぞれ日本語を選択すると日本語が使えるようになりました。
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また言語の切り替えのショートカットはMacのJIS配列ではCommandではなく、controlとspaceキーなんですね。勉強になりました。

無事に解決いたしました、ありがとうございました。