bayou による投稿:

usb1にubuntu16.04を導入した時点でブートローダーがHDD内のubuntu15.04からusb1のubuntu16.04に移り、usb1なしではHDDにあるwindows10もubuntu15.04もブートできなくなった、ということでしょうか。

usb1なしでもHDD内のwindowsは起動できます。 
Windowsとubuntu15.04をデュアルブートしていました。
usb1にubuntu16.04をインストールすると、
usb1を接続した場合にのみ、ububtu15.04とubuntu16.04の二種類を選択できる状態でした。

uotora による投稿:

次のコマンド入力し結果を提示してください。

コード:

sudo parted -l

モデル: ATA SAMSUNG MZNTE128 (scsi)
ディスク /dev/sda: 128GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: gpt
ディスクフラグ:

番号  開始    終了    サイズ  ファイルシステム  名前                          フラグ
1    1049kB  1000MB  999MB   ntfs                                            hidden, diag
2    1000MB  1273MB  273MB   fat32             EFI system partition          boot, esp
3    1273MB  1407MB  134MB                     Microsoft reserved partition  msftres
4    1407MB  100GB   98.6GB  ntfs              Basic data partition          msftdata
6    100GB   108GB   7797MB  ext4
7    108GB   112GB   4203MB  linux-swap(v1)
5    112GB   128GB   16.0GB  ntfs                                            hidden, diag


モデル: I-O DATA USB DISK (scsi)
ディスク /dev/sdb: 7744MB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: msdos
ディスクフラグ:

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
1    4129kB  7744MB  7740MB  primary  fat32             boot, lba


モデル: SanDisk Ultra Fit (scsi)
ディスク /dev/sdc: 16.0GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: msdos
ディスクフラグ:

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
1    1049kB  5244MB  5243MB  primary  ntfs
2    5244MB  16.0GB  10.8GB  primary  ext4


モデル: SMI USB DISK (scsi)
ディスク /dev/sdd: 16.0GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: msdos
ディスクフラグ:

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
1    1049kB  4878MB  4877MB  primary  fat32
2    4878MB  16.0GB  11.2GB  primary  ext4


I-O DATA USB DISK (scsi)はlive CDの代用としてliveUSBとして使用しているものです。
SanDisk Ultra Fit (scsi)には以前使用していて起動しなくなったubuntu16.04がインストールされています。
SMI USB DISK (scsi)はliveUSBを使って新しくインストールした別のubuntu16.04がインストールされています。

uotoraさん、お返事ありがとうございます。

モデル: SanDisk Ultra Fit (scsi)
ディスク /dev/sdc: 16.0GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: msdos
ディスクフラグ:

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
1    1049kB  5244MB  5243MB  primary  ntfs←これをfat32にすれば起動するかも
2    5244MB  16.0GB  10.8GB  primary  ext4

uotora による投稿:

以上のように確認できました。
で、今後どのようにしたいのですか。

SanDisk Ultra Fit(scsi)内のデータを残しつつ、インストールされているはずのubuntu16.04をUSB起動(設定やデータを保存しつつ、持ち運び、大抵のPCで同じ環境が用意)できるようにしたいです。

以前SanDisk Ultra Fitにインストールされたubuntu16.04は他のPCでは起動できませんでした。

SanDisk Ultra FitにはliveUSBを用いてインストールしたubuntu16.04が入っています。

uotora による投稿:

番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
1    1049kB  5244MB  5243MB  primary  ntfs←これをfat32にすれば起動するかも
2    5244MB  16.0GB  10.8GB  primary  ext4

ファイルシステムをntfsをfat32に変更するとデータが消えたりしないのでしょうか。

uotora による投稿:

データー領域ですか。
その場合はファイルシステムの変更は控えてください。

データー領域であるかどうか確認する術はありますか。

データが消えるとの警告が出ましたが、boot-repairを試したところデータが消えることなく、全てのubuntuが起動するようになりました。(SanDisk Ultra Fitのubuntuのバージョンがダウングレードしてしまいましたが…)
問題の解決にご協力いただきありがとうございます。
ご協力いただいた皆様に感謝します。