初めての投稿です。
不慣れで、無礼な振る舞いをするかもしれませんが、何卒ご容赦ください。

元の状態、やったこと、現状（問題）、試行錯誤を箇条書します。
【元の状態】
1.PC２台（サーバー、クライアント）を使っている。
2.サーバー：ubuntu14.04上でsambaサーバーを運用中。
3.クライアント：windows10上のvirtualboxでubuntu14.04を使っている。サーバーのsambaディレクトリをマウントしている。
4.この時点では、時々、emacsの(verify-visited-file-modtime (current-buffer)) がnilを返していた。
5.ネットの情報にしたがって、両方ともに、ntpを入れて、時間同期をするようにした。
6.その結果、クライアント上のemacs23(おそらく)から、sambaでマウントしたサーバー上のファイルを、普通に支障なく編集できるようになった。
【やったこと】
7.サーバー、クライアントともにubuntu16.04にアップグレード。
8.クライアンとのemacsを23から２４にした。
【現状（問題）】
9.クライアント上のemacs24から、sambaでマウントしたサーバー上のファイルを編集しようとすると、emacsの(verify-visited-file-modtime (current-buffer)) 関数の返り値がnilとなり、ask-user-about-supersession-threat関数が「foo changed on disk; really edit the buffer? (y, n, r or C-h) 」という警告を出すようになり、ファイルをスムーズに編集できなくなった。
10.つまり、4.と同様の状態になっている。
【試行錯誤】
11.サーバー、クライアントの両方で、ntpを削除したり、ネットを参考にいろいろ設定ファイルを書き換えてみたが、結局、上記の問題は解決しない。

以上、下手くそな説明で恐縮ですが、ご指導賜れますと幸いです。よろしくお願いいたします。