あまり参考になるとも思えませんが、レスがつかないようなので、私の経験した事例を書かせていただきます。

raspberry pi 3+Ubuntu Mate 16.04 で「一定時間操作がないときにモニターをスリープ」するように設定したつもりが、スリープしなかったり何もしていないのにモニターが wake up するという状態になりました。

注：raspberry pi 3 にはもともと suspend/resume 機能はありません。またモニターを直接スリープさせるわけではなく、raspberry pi 3 がやることは HDMI 出力を無信号状態にするだけです。

自作の window manager を使っていたのでまっ先にその部分を疑いましたが何度怪しそうな部分のソースを見なおしても問題点が分かりません。次に xscreensaver の設定や window manager との連携で何か問題があるのかを調べましたが依然何も分かりませんでした。途方に暮れて画面を見つめていたら、何もしていないのにマウスカーソルがちょっと動いたように見えたのでもしやと思って xev でイベントをモニターしたら確かに時々マウスが動いたというイベントが発生していました。マウスを交換したら所望の動作をするようになりました。

＃交換する際、マウスの底面に付いている滑りを良くするプレートのようなものが剥がれて無くなっている事に気が付きました。
＃これは想像ですがマウス内のセンサーとマウスが置かれている面との距離がわずかに減ったことで不安定になっていたのかもしれません。

解決まで一ヶ月以上かかりましたが、結局ソースコードや設定の見直しは全て無駄だったわけです。最初にイベントのログを取り何を契機としてスリープ解除されるのかを調べておけば短時間で解決できたものと思われます。

unarest2 さんの場合、UEFI and/or ACPI が絡んでいるのでそのマシンで「何が wake up させているのか」をどうやって調べるのか私には分かりませんが、原因を特定させることが結局は早道だと思います。

カーネルの問題もあるそうです。
改善されたという記事がありましたのでご参考に。
Linux mintでKernelをアップグレードしたらハイバネートが効かなくなった