お知らせ

  • 利用規約を守って投稿してください。また、よくある質問および投稿の手引きも参照してください。
  • メッセージの投稿にはアカウントが必要です。未登録の方は、ユーザ登録ページからアカウントを作成することができます。

#1 2018-03-22 09:45:35

biodaiki
新しいメンバ
登録日: 2018-03-19

openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

パソコンド素人のものです。openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールしようとしています。
しかし、下のように入力しても
$ rpm -qa | grep jdk
jre-<バージョン番号>-fcs のようなパッケージが報告されません。
また、
$ sudo update-alternatives --config java
$ sudo update-alternatives --config javac
と入力して、oraclejdkの方選択番号を入力⇛ENTER
として、もう一度、
$ sudo update-alternatives --config java
$ sudo update-alternatives --config javac
で実際に選択できていることを確認しても、
$ java -version
と入力すると
openjdk version "1.8.0_121"
OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)
と表示されます。
よくわからずに、コマンドを実行していることがあるので、いじるべきでなかったファイルを消してしまったりしている気がするのですがどうすればよいでしょうか。

オフライン

 

#2 2018-03-23 00:12:40

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

OpenJDKのアンインストールは以下のコマンドでできると思います。

sudo apt remove openjdk-8-jdk openjdk-8-jre

オフライン

 

#3 2018-03-23 12:36:27

biodaiki
新しいメンバ
登録日: 2018-03-19

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

前回の質問にも答えていただき大変ありがとうございます。
示していただいたコマンドを実際に実行してみましたが、

「パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています               
状態情報を読み取っています... 完了
パッケージ 'openjdk-8-jdk' はインストールされていないため削除もされません
パッケージ 'openjdk-8-jre' はインストールされていないため削除もされません
アップグレード: 0 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 16 個。」

さらに以下のように入力してみると、
$ java -version

「openjdk version "1.8.0_121"
OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)」

となります。一体何が起こっているのかわからないです。最悪アンインストールはできずとも、JAVAの切り替えができればいいと考えているのですが、それもうまくいかないです。

オフライン

 

#4 2018-03-23 17:19:10

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

biodaiki による投稿:

パッケージ 'openjdk-8-jdk' はインストールされていないため削除もされません
パッケージ 'openjdk-8-jre' はインストールされていないため削除もされません

パッケージ名が違ったみたいですね。
では、

dpkg -l | grep jdk
dpkg -l | grep jre
dpkg -l | grep java

などと実行してみて、インストールされているJava関連パッケージ名を確認してみてください。

オフライン

 

#5 2018-03-30 19:59:07

biodaiki
新しいメンバ
登録日: 2018-03-19

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

$ dpkg -l | grep jdk
$ dpkg -l | grep jre
$ dpkg -l | grep java
ii  gir1.2-javascriptcoregtk-4.0:amd64         2.18.6-0ubuntu0.17.10.1                     amd64        JavaScript engine library from WebKitGTK+ - GObject introspection data
ii  gjs                                        1.50.1-1                                    amd64        Mozilla-based javascript bindings for the GNOME platform
ii  java-common                                0.59ubuntu1                                 all          Base package for Java runtimes
ii  javascript-common                          11                                          all          Base support for JavaScript library packages
ii  libgjs0g                                   1.50.1-1                                    amd64        Mozilla-based javascript bindings for the GNOME platform
ii  libjavascriptcoregtk-4.0-18:amd64          2.18.6-0ubuntu0.17.10.1                     amd64        JavaScript engine library from WebKitGTK+
ii  oracle-java8-installer                     8u161-1~webupd8~0                           all          Oracle Java(TM) Development Kit (JDK) 8
ii  oracle-java8-set-default                   8u161-1~webupd8~0                           all          Set Oracle JDK 8 as default Java

最後のコマンドでもやはりopenjdkはヒットしないですね。少し何が起こっているのでしょうか?

$ sudo update-alternatives --config java
alternative java (/usr/bin/java を提供) には 1 個の選択肢があります。

  選択肢    パス                                   優先度  状態
------------------------------------------------------------
  0            /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java   1081      自動モード
* 1            /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java   1081      手動モード

現在の選択 [*] を保持するには <Enter>、さもなければ選択肢の番号のキーを押してください:
$ sudo update-alternatives --config javac
alternative javac (/usr/bin/javac を提供) には 1 個の選択肢があります。

  選択肢    パス                                優先度  状態
------------------------------------------------------------
  0            /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javac   1081      自動モード
* 1            /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javac   1081      手動モード

現在の選択 [*] を保持するには <Enter>、さもなければ選択肢の番号のキーを押してください:

$ java -version
openjdk version "1.8.0_121"
OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)


未だアンインストールできていないです。もう少し、自分でも調べてみます。ありがとうございました。もし何かおわかりの方がいらっしゃるのであればおしえていただきたいです。

オフライン

 

#6 2018-03-31 19:14:56

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

javaコマンドを実行できるということは、
パスの通った場所にjavaの実行ファイルがあるということなので、
以下のコマンドでjavaの実行ファイルがどうなっているのか確認してください。

ls -l /usr/bin/java
ls -l /etc/alternatives/java
ls -l /usr/local/bin/java
ls -l /bin/java

オフライン

 

#7 2018-03-31 19:18:26

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

また上記のコマンドで見つからない場合は、
パスの通ったディレクトリを確認して、
そこにjavaコマンドがあるかどうかを調べてみてください。

echo $PATH

オフライン

 

#8 2018-04-02 17:31:34

biodaiki
新しいメンバ
登録日: 2018-03-19

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

お返事ありがとうございます。実行してみましたが、いかがでしょうか。

$ ls -l /usr/bin/java
lrwxrwxrwx 1 root root 22  3月 26 10:00 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java

$ ls -l /etc/alternatives/java
lrwxrwxrwx 1 root root 39  4月  2 16:56 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java

$ ls -l /usr/local/bin/java
ls: '/usr/local/bin/java' にアクセスできません: そのようなファイルやディレクトリはありません

$ ls -l /bin/java
ls: '/bin/java' にアクセスできません: そのようなファイルやディレクトリはありません

$ echo $PATH
/home/???/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/db/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin:/home/???/chip/ngsplot/bin

オフライン

 

#9 2018-04-02 18:17:43

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

うーん…
では一旦java-8-oracleをアンインストールしてみて、
その状態でjavaコマンドを実行してみてください。

オフライン

 

#10 2018-04-02 20:24:05

biodaiki
新しいメンバ
登録日: 2018-03-19

Re: openjdkをアンインストールしてoraclejdkをインストールする方法

先程私が投稿させていただいた時点で
$ java -jar trimmomatic-0.33.jar ...
とjavaコマンドを実行してみました。すると問題なく、処理が終わりました。

もともと、JAVAの変更を試みたのは、IGVというソフトの起動時に生じる以下のエラーを解決するためでした。しかし、The crash happened outside the Java Virtual Machine in native code.の一文にあるようにJAVA以外に原因がある?気がします。もう少し、その方面で調べてみようと思います。

aaabbbcccdddeeefffggghhhさん、
私のために時間を割いていただき本当にありがとうございます。


#
# A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment:
#
#  SIGSEGV (0xb) at pc=0x0000000000000000, pid=9285, tid=0x00007f8a182cc700
#
# JRE version: OpenJDK Runtime Environment (8.0_121-b15) (build 1.8.0_121-b15)
# Java VM: OpenJDK 64-Bit Server VM (25.121-b15 mixed mode linux-amd64 compressed oops)
# Problematic frame:
# C  0x0000000000000000
#
# Failed to write core dump. Core dumps have been disabled. To enable core dumping, try "ulimit -c unlimited" before starting Java again
#
# If you would like to submit a bug report, please visit:
#   http://www.azulsystems.com/support/
# The crash happened outside the Java Virtual Machine in native code.
# See problematic frame for where to report the bug.
#

オフライン

 

Board footer

Powered by FluxBB