shermansweet による投稿:

デスクトップ環境が変わったからでしょうか？

いいえ、おそらく shermansweet さんが snap 版の Chromium をインストールしたからだと思われます。
~/snap/chromium 以下の隠しフォルダーに設定ファイルがあるはずです。
私の環境では ~/snap/chromium/283/.config/chromium/Default 以下に Bookmarks ファイルがあることを確認できました。

余談ですが Ubuntu 18.04 にインストールできる Chromium は snap 版と deb 版の2種類あります。
Ubuntuソフトウェアで「Chromium」と表示されるのが snap 版で「Chromium ウェブ・ブラウザ」と表示されるのが従来の deb 版です。

deb 版の設定フォルダーは今まで通り ~/.config/chromium となっています。