GeForce GTX1060が載っているubuntu16.04でCUDAを使うためにNVIDIAのドライバをrunファイルからインストールしたのですが
nvidia-settingsを行うと
"You do not appear to be using the NVIDIA X driver.  Please edit your X configuration file (just run `nvidia-xconfig` as root), and restart the X server."
と表示され、グラフィックドライバが使われていないようです。

指示通りにsudo nvidia-xconfigを行い、再起動してからもう一度試してみても同じ表示が出ます。

nvidia-smiでは
+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 390.67                 Driver Version: 390.67                    |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |
|===============================+======================+======================|
|   0  GeForce GTX 1060    Off  | 00000000:01:00.0 Off |                  N/A |
| N/A   53C    P0    24W /  N/A |      0MiB /  6078MiB |      0%      Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
                                                                               
+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes:                                                       GPU Memory |
|  GPU       PID   Type   Process name                             Usage      |
|=============================================================================|
|  No running processes found                                                 |
+-----------------------------------------------------------------------------+
とGPUが認識されているようです。
ただ、以前別のマシンにドライバを入れた時は、プロセスの欄にXorgとcompizが常にあったように思います。

CUDAのサンプルコード、deviceQueryは正しく動いているのでNVIDIAドライバ自体はインストールされていると思うのですが
グラフィックドライバとして利用するにはどうすればよいのでしょうか。
ご回答よろしくお願いします。


lspci | grep -i nvidia
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation Device 1c20 (rev a1)

dpkg -l | grep -i nvidia
ii  bbswitch-dkms                                0.8-3ubuntu1                                          amd64        Interface for toggling the power on NVIDIA Optimus video cards
ii  nvidia-prime                                 0.8.2                                                 amd64        Tools to enable NVIDIA's Prime
ii  nvidia-settings                              361.42-0ubuntu1                                       amd64        Tool for configuring the NVIDIA graphics driver