ざっくりいうと、apt.conf.dにある設定ファイルが英数字の昇順で読み込まれます。man apt.confのDir::Etc::Partsに関する説明を参照するとよいかと。

＞ emasakaさん
apt.confのマニュアルを見てみました。確かに最初の方に書いてありました。
調査不足で申し訳ありません。
aptの方にばかり気を取られてconfファイルのマニュアルについては気づきませんでした。

＞ hellfireさん
ファイル名を変えると読み込む順番を変えられるという仕組みですね。
こうしておくと確かに柔軟な運用ができますね。

お二人ともご回答ありがとうございました。