こんにちは、zanjibarさん。

　OSのインストールよりもNautolus やMozc、geditなどの設定に時間がかかりますから、
クリーンインストールよりもアップグレードの方が楽に思えますが、今回はデスクトップ
が変更されましたので、クリーンインストールの方が良いのではないでしょうか。

　なお、私はいつもクリーンインストールを行っています。この際にインストールすべき
アプリや設定を見直すことにしています。そのため、インストールするたびに手順などを
メモに残しておき、それを次回のインストールの際の手引にしています。作業の際には、
２台のマシンを並べて作業しています。片方のマシンで手順書を表示させ、必要に応じて
手順書も更新してています。で、１台が完了すると、もう１台も同様の作業を行います。
双方のマシンが同じ環境になっていますので、同じ操作環境が揃います。すべてのデータ
はDropbox 上に置いていますので、片方のマシンに問題が発生しても、作業が滞ることは
ありません。よって、バックアップもしていません。

prairie さん　ありがとうございます。

やはり、クリーンインストールがいいみたいですね。