こんにちは、rzeroさん。

　「アプリケーションボタン（９個の点）」を押し、その中の「設定」を開きます。画面の左に
一覧が展開されますが、その中の「Dock」をクリックすれば、アイコンのサイズを変更できます。

デスクトップアイコンとは、画面左端のランチャーの事ですか？
システム設定⇒外観・・でランチャーのサイズは変更出来ますが。
違っていたら、識者様からの、回答待ちです。

OS: Ubuntu 16.04 LTS
ファイル/nautilus: 3.14.3

ファイル(nautilus)を開く
メニューバーから編集(E)、設定(P) （設定ダイアログが開く）
表示タブ、アイコン表示の既定値、デフォルトのズームレベル(Z)


OS: Ubuntu 18.04 LTS
OS: Ubuntu 18.04.1 LTS
ファイル/nautilus: 3.26.4

ファイル(nautilus)を開く
アイコン表示にする（ウィンドウ右上、四点のボタン）
その後、下記(1)(2)のどちらかで変更できる
(1)
どれかアイコンをクリックする
Ctrl + マウスホイール で拡大/縮小すると、
(キーボードからは Ctrl + Shift + ; / Ctrl + - 　テンキー不可)
デスクトップ上のアイコンが連動して拡大/縮小する
(2)
メニューボタンをクリック（ウィンドウ右上、「三」形のボタン）
[-]/[+]ボタンで
デスクトップ上のアイコンが連動して拡大/縮小する


# いつの間にかアイコンが大きくなっていて驚いたので、いろいろやって見つけました。
# ファイルブラウザ(nautilus)のバージョンによるのかも。