コマンドラインでの操作に抵抗がなければ rsync で簡単にファイルの同期がとれます。
cron で定期的に実行、または rsync をデーモンとして起動すれば自動化できます。

ご回答くださった皆さん、ありがとうございます。

GUIで操作できるので、まずはHoneSONG様がご回答くださった方法を試したのですが、うまく行きません。
ご紹介の記事どおりに設定したつもりなのですが、通知領域にある常駐したアプリのアイコンには「×」がついており、設定したファイルを一切バックアップしないらしく、Snapshot Browserを見てもバックアップしたファイルがまったく表示されません。どうやらまったく動作していないようです。
また、設定->Includeにて設定ファイルを追加したくても、隠しファイルが表示されず、むしろ設定ファイルの類はデフォルトでExcludeに設定されていることから、このアプリが想定している使い方は何かもっと限定されたものなのではないか？　と思えます。

f0705様とShibata様のご回答につきましては、また改めて検討させていただき、お返事させていただきます。

ともかく、ありがとうございます。

yama様、ご回答ありがとうございます。

Grsyncを試してみました。ファイルによっては権限がないなどの理由で保存できませんでした。
ヘルプファイルをじっくり読んで、さらに色々試してみます。

有難うございました。