（やはりというべきか、混ぜ物は回答が付きませんね）
答えを持っているわけではないので確認をしながらになりますが、その構築した環境のディスプレイマネージャー（ログイン画面）はUbuntu標準のGDMのままですか？また、Ubuntuセッションでは問題が起きていないということで合っていますか？
上記の解釈通りであれば、以下の確認をしてみてください。

効果があるかわかりませんが、設定アプリの「ウィンドウマネージャー（詳細）」の「コンポジット処理」タブで、「描画を垂直帰線期間と同期する」にチェックを入れてみたり、「コンポジット処理を有効にする」のチェックを外したりすると改善しませんでしょうか。

ダメだった場合は、Xubuntuのインストールイメージを作成してライブセッションを立ち上げ、現象が起きるか確認してみてください。
起きないようでしたら、「Ctrl + Alt + F2」キーを押してttyな仮想コンソールに切り替えログインしてください。ユーザー名は「xubuntu」、パスワードはないのでエンターキーでログインできます。
ログインしたら、

sudo apt update
sudo apt install gdm3
sudo systemctl stop lightdm.service
sudo systemctl start gdm.service

を実行し、GDMが立ち上がったらデスクトップセッションを「Xfce4」に変更してログインしてみてください。ユーザー名、パスワードは上と同じです。
これで条件的にはインストールした環境と同じになると思いますので、ここまでの何れかの段階で現象が確認されると思うのですが…