初心者サポートで「linuxでRAID1組んだ環境での質問だ！」という驚きはさておきまして(笑)
　
お話を聞いた感じではハードウェアとしてのHDDになにかあったというより
NTFS内で破壊とまでは言わないまでも不整合などを起こしているように見えます。
インターネット上にある質問でも、英語になりますが以下のようなものがありました。
"How do you repair an “input/output error” in an NTFS partition?"　https://askubuntu.com/questions/74105/how-do-you-repair-an-input-output-error-in-an-ntfs-partition
　
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以下の方法はいきなり修復するのではなく
まずHDDがどうなっているかを確認するため実行してください
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1) ntfsfix を使う
　
fsckは直接はntfsに対応していませんが、別にntfsfixというコマンドがあります。
ntfs-3gなどntfsに関するプログラムを公開しているtuxera社のOSSです。
https://www.tuxera.com/community/open-source-ntfs-3g/
　
以下のパラメータ指定ならデバイスに書き込みせずに情報だけ得られるはずです。
ntfsfix -n <対象デバイス名>
　
distroによってはfsck.ntfsというコマンドがあってその実体はこのntfsfixの場合もあるようです。
　
ntfsfixに関しては上記のtuxera社のサイト以外に以下のサイトに情報があります。
ntfsfix(8) - Linux man page　https://linux.die.net/man/8/ntfsfix
Linux Commands Examples ntfsfix　http://www.linux-commands-examples.com/ntfsfix
破損した NTFS ファイルシステム　https://wiki.archlinux.jp/index.php/NTFS-3G#.E7.A0.B4.E6.90.8D.E3.81.97.E3.81.9F_NTFS_.E3.83.95.E3.82.A1.E3.82.A4.E3.83.AB.E3.82.B7.E3.82.B9.E3.83.86.E3.83.A0
　
2) WindowsマシンにHDDを接続してでchkdskを実行する　　※RAID1がネックになってリスキーです
　
質問者の方はRAID構築しているのでntfsのファイルシステムはlinux上で mkfs -t ntfs か mkfs.ntfs を実行して作成していると思われます。
このntfsファイルシステムを作成する一連のプログラムもntfs-3gの一部です。
ntfsfixとも親和性が高い(=ntfsにmkfsしたファイルシステムで起きることを想定し得る)ので、大方の問題はntfsfixで検出(ないし修復)出来るはずです。
　
それでもダメな場合は"NTFS本家のMicrosoftのNTFSとしてチェックする"……Windowsマシン上からchkdskするということになります。
WindowsマシンにNTFSの問題のHDDをSATAなりUSBなりで接続して次のコマンドを実行します。
　chkdsk <ドライプ名>　　※情報を得るだけならばドライプ名以外のパラメータは指定しないでください
問題がなければ「ファイル システムのチェックが終了しました。問題は見つかりませんでした。」と通知されます。
　
ただ、質問者の方はRAID1構成にしているので、以下の心配があります。
・手間無く簡単にWindowsマシンに接続することが出来る環境なのか？
・RAID1のミラーの各々がただのHDDとしてWindowsから認識されるのか？(理屈としてRAID1のミラーのそれぞれは同じデータを格納したシングルボリュームそのものだと思いますが……)
　
加えて、WindowsマシンのchkdskでNTFSの問題箇所を修復した場合に、以下の心配も出てきます。
・ファイルサーバーにしていたディスクなので大容量の可能性があるが、chkdskして修復にとてもつもない時間がかからないか？
・RAID1のミラーの各々個別にchkdskで修復して、その後RAID1として不整合は起きないのか？
　
Windowsマシン上のchkdskで修復までするのならそれなりの覚悟を持ってしたほうがいいと思われます。
出来ることなら、ミラーのどちらでもいいので３個目のHDDにファイルレベルのコピーバックアップを取っておいたほうが安心できるでしょう。
修復前と修復後のどちらを取るかは悩ましいですが、修復した後で見えなくなるファイルがあることを想定したら両方取得出来ると完璧かも知れません。
ファイルレベルとしたのはDDとかでは問題のある箇所もそのままバックアップしてしまうので、ファイルとして見えている範囲でバックアップするためです。
　
　
余談というか個人的な興味なのですが、以下について教えてください。
・Sambaでファイルサーバーを構築するのなら、サーバー上のファイルシステムはNTFSでなくてもよかったように思えます。なぜNTFSにされたのでしょうか？
　
以上です