Kumacoin を知らないので一般論となりますが、ソースからインストールしたboostライブラリがリンクできていないように見えます。
以下の手順で解決できないでしょうか。

1. boostライブラリのインストールディレクトリの確認
おそらく /usr/local/lib/ と思います。
/usr/local/lib/ に無かった場合は、libboost の Makefile をテキストエディタで開いて、"prefix" という文字列を検索してください。
prefix=で指定されているディレクトリが libboostライブラリのインストールディレクトリです。

2. Kumacoin のリビルド
以下の手順で Kumacoin をビルトしてみてください。-Lの後のディレクトリは上記1で確認した libboost のインストールディレクトリを指定してください。
make の j2 オプションは外してください。

make clean
./configure LDFLAGS="-L/usr/local/lib"
make

configure が無い場合は、Kumacoin の Makefile を直接編集してみてください。
"-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu" という文字列を検索し、"-L/usr/local/lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu" と変更後 make してみてください。

syurin_nagatukiさん

結果のご連絡ありがとうございます。

make -f makefile.unix BOOST_LIB_PATH=/usr/local/lib

でビルドできるのではないかと思います。

今回 Makefile を見て気づいたのですが、boost のヘッダファイル群(/usr/local/include/boost/*.hpp)を /usr/include/ 下にコピー等されましたでしょうか？
出るはずのエラーが出ていなかったようなので気になりました。
もしコピーされたのであれば、今後パッケージのlibboost-devが必要になった際に競合するかもしれません。

最後に少々堅苦しい話ですが、kumacoind をインストールするPC（ほぼ24時間365日稼動すると考えています）については、セキュリティ面についても調査されたうえで、適切に設定頂ければ幸いです。既に実施済みであればご放念ください。

syurin_nagatukiさん
結果のご連絡ありがとうございます。
セキュリティについては、個別具体的な実施策についての言及は避け、進め方の方向性のみ記載させて頂きます。
以下、あくまでご参考として記載するものであり、「こうすべき」「こうしておけば安全」という内容では無い点、お含み置きください。

1.予防・発見の観点で対策を実施する
被害にあわないための予防的観点での対策と、被害の予兆及び被害の事実を早期に発見し、被害を最小化する発見的観点での対策が有用と考えています。
・ 予防策の例
ソフトウェアの更新(脆弱性の修正)、不要な通信の遮断、不要なプロセスの停止、不要なアクセス権の停止
・ 発見策の例
ログ、リソースの監視、マルウェアのスキャン

2.原則禁止
明示的に許可するもの以外は原則禁止する考え方です。
パケットフィルタリング(※)や、ユーザ(アカウント)に付与する権限に適用されることが多いです。
※ パケットフィルタリングについはインバウンド・アウトバウンド通信ともに適用します。

上記のような考えをご参考として、検索、マニュアル、コマンドのヘルプ等を活用しながら実装を進めていただければ良いのではないかと思います。
検索時に有用と考えられるキーワードとしては、以下のようなものが考えられます。
（例）
ufw, iptables 等
swatch, logwatch 等
sudoers, wheelグループ 等
chroot 等
「daemon 専用アカウント nologin」 等

いずれにせよ、運用負荷の高い(難しい)方式に挑んで挫折して放置するよりは、継続可能な方式を選定されることをお勧めいたします。