おそらくパーミッションの変更が必要だと思われます。
pdftkをインストールすると、Ubuntuソフトウェアのpdftkのページに「Permissions」というボタンが表示されます。
それをクリックすると設定ダイアログが表示され、

Access files in your home folder
Read/write files on removable strage devices

という2つの項目があり、上の方だけオンになっています。
ですので、下の方もオンにすればUSBメモリ上のファイルにアクセスできるようになるのではないでしょうか。

ありがとうございます。問題解決しました。

一つ上の自分の書き込み「検索しても候補に出てこない」という現象ですが，なぜか別のUbuntu PCでは検索に引っかかりsnap版pdftkが出てきました。
最初のUbuntu PCでなぜ候補に出てこないのかは，よくわかりません。

さて，その別のPCですが，検索でsnap版pdftkが出てきたので，Permissionsでリムーバブルメディアのアクセスを許可しました。(オフ→オン へ)
すると無事にUSBメモリ上のファイルに対してpdftkが使えました。ありがとうございます。

ただPermissionsの設定画面を閉じて再び表示させると，リムーバブルメディアへのアクセスがオンの状態でも表示上はオフになっています。
オフにするには，いったんオンにしてオフにする，必要があるみたいですね。
また，アクセス許可されるのは，あくまでもリムーバブルメディア上だけなんですね。よく作業用に/tmpフォルダを使うのですが，そちらはPermissionsの設定を変えてもアクセスできませんでした。

とりあえず，USBメモリ上で使えるようになったので助かりました。
いろいろとご助言ありがとうございました。

余談ですが、コマンドでパーミッションを切り替える場合は、

sudo snap connect pdftk:removable-media
sudo snap disconnect pdftk:removable-media

といった感じのコマンドになるようですね。

rohizuka による投稿:

Access files in your home folderuoteがオンの時はユーザーのホームディレクトリ内のファイルだけにアクセス出来ます。
Access files in your home folderuoteをオフに変更してみてください。

Access files in your home folderと書いたつもりが、余分なuoteが入ってましたすみません。

av7y6unm による投稿:

「Access files in your home folder」をオン・オフ両方試してみましたが，ホームディレクトリ配下以外のディレクトリではアクセスできませんした。
オフにすると，ホームディレクトリ配下のファイルにもアクセスできなくなってしまいました。
「Access files in your home folder」はホームディレクトリ以下のファイルアクセスを許すか否かのスイッチではないでしょうか。

私が思い込みで間違った理解をしていたようです、無駄手間をかけさせてしまってすみません。