アップグレードには、古くなったアプリは消される場合が多いです。
その時にデータが一緒に消されることはないのでしょうが、
場所がわからなくなったりは有るでしょう。
気をつけてアップグレードしましょう。

　なお、１２．０４から18.04だと差がありすぎます。
順にやっていけば理論的にはできるはずですが、
私は成功した試しはありません。

　それからデータは、別のハードとかにコピーを作っておくことが大事でしょう。
それから新規インストールしたHDDに最後にデータだけ戻す形が良いでしょう。
なお、データ対比したHDDはそのまま保存しておくと良いでしょう。
ただしたまには接続して回してあげるほうが寿命が伸びると聞いたことがあります。