通常、Windowsとは仕組みが異なるため、クリーニングは基本的に必要ありません。

デフラグに関しては、まず、端末を開き、

sudo e4defrag -c /

を実行してください。
その結果にある、「Fragmentation score」が、0 ~ 30であれば、問題ありません。31以上であれば、

sudo e4defrag /

を実行してください。

なお、常駐しているソフトウェアが原因と考えられる場合は、自動起動するソフトウェアの設定をします。(環境情報が記載されていないため、Ubuntu 20.04 デスクトップと仮定します。)
アプリケーションの一覧を表示し、検索欄に、「自動起動するアプリケーション」と入力します。すると、「自動起動するアプリケーション」という項目が出ると思いますので、それを開いてください。
そうしたら、不要と思われるアプリのチェックマークを外してください。

ubuntuを使っていると、だんだんファイルが増えるのは本当です。Winとは比較にならないぐらいに、あっという間に肥大化します。
なので、クリーニングは、業務としてubuntuを使っている場合には『必須』です。

アプリをインストールしてからアンインストールしても、GUIでやると設定ファイルを含め相当のファイルが残っています。
また、OSのバージョンアップに際して、古いカーネルが保存されるので、限られたストレージだとパンクすることもあります。
カーネルはファイルサイズが大きいのです。

古いカーネルは、カーネルパニックによりOSがダウンした時など、古いカーネルから立ち上げる時のために必要とされますが
しかし、何代も前のカーネルバージョンを残しておくことが果たして意味があるのか、そしてそれが分かってる人には
手動で削除するわけですが、分からない人には、何のオプションの機会も与えられずに、ずっと肥大化していくのはおかしいと思っていますが
未だに改善しません。

ですので、上記の、使われなくなった設定ファイルや、古いカーネルをGUIで消すことをおすすめします。
よく使われているのは、UbuntuCleaner　でこれはWin使いには、CCleanerみたいな感じで使いやすいでしょう。
あとは、BleachBitというのもあります。これは、root権限で動くのと、一般権限のとがあり、両方使ったほうが良いかと。

ストレージの余裕は、ある程度の動作の速度感の向上に役立つかと。

SSDならば、デフラグはしないほうが（してはいけない）。
HDDでもしないほうが良い。特に何らかの意味があってあえてやる場合以外は。

速度向上には、余計なサービスやアプリは切る、あたりでしょうか。

それでも使い込んでいくと速度低下が感じられるのは否めないので、
メジャーなアップデートに際して、クリーンインストールするとよいかと。

　　

　わたしはubuntuなどのlinuxを使っていてファイルがどんどん増えて使いづらくなるといった印象は抱いていません。openboxなどの軽量デスクトップだけでなくKDEなどを使っても重たかったり遅かったりするような印象はないです。ただしCUIでアップデートは欠かさず行っています。
　いまこれを書いているPCは所有するなかでHDDの容量が一番小さく、232.89GB(250GB)です。割り当てはwindows10が約58GBでそのうちの37GBを使用しています。linuxには約38GBを割り当て23GBを使用しています。linuxには多くのアプリケーションソフトやテーマ、アイコンテーマ、デスクトップ環境など入れてありますが、その程度でおさまっています。なぜかというと、windows10とlinuxの両方からアクセスできるストレージ用のパーティションを作って(約129GB)、そこに動画や音楽、画像、文書などのファイルをすべて入れているからです。所有する他のPCもマルチブートですが、いずれもストレージを分けているので、linuxのシステムパーティションは20数GBしか使っていません。私の場合は40GB割り当てておけばまったく心配ないという認識です。windowsには60〜80GBを割り当てています。