私も同感を覚えています｡
mozc の設定群/.mozc だけはバックアップしておき使い回しています｡

あとは私の場合はこんなかんじでやってます｡

Synapticsパッケージマネージャーの｢状態｣ーインストール済(手動)､を記録しておく
コマンド､snap list の結果を記録しておく
GNOME の拡張機能のインストール済を記録しておく
｢ソフトウェアとアップデート｣でPPAを記録しておく
｢パスワードと鍵｣を記録しておく
自動起動を記録しておく

私の場合は、/home用にパーテーションを用意して、新バージョンのインストールに際して、/homeを引き継いで（フォーマットしないで）環境をつないでいます。
もっとも、この場合も、自分でインストールしたソフトなどはインストールし直す必要はありますが、カスタマイズした設定やデータなどは/homeにありますので、
ソフトをインストールしただけで前の環境で使うことができます。こんな感じではだめでしょうか？

dejadupを使えばいいと思います。