すいません、自己解決しました。大きなファイルだったので「ディスク容量の解析」で調べてみたところ、
~/.local/share/Trash/*
に入っていることが分かり、これを sudo rm -r [Directory] したら、きれいに消えてくれました。

hito による投稿:

alt+F2で、gksu nautilusとしてroot権限付きのファイルマネージャを立ち上げてください。

rootのファイルマネージャから入れるゴミ箱には、ホームディレクトリのゴミ箱の中身は入っていませんでした。