コマンドラインからのインストールだったのでしょうか?
SnapなUbuntuでも､ストアー経由でFlatpakをインストールする方法もあるようです｡

現状で再起動してもメニューに現れない場合は､メニュー項目を自作して所定のフォルダに置きます｡
下記お試しください｡

テキストファイルを作成

ファイル名
com.github.fabiocolacio.marker.desktop
権限
プログラムとして実行可能

その内容
[Desktop Entry]
Name=Marker
GenericName=Markdown Editor
Comment=A simple markdown editor for GTK+
Categories=GTK;Utility;
Exec=/usr/bin/flatpak run --branch=stable --arch=x86_64 --command=marker --file-forwarding com.github.fabiocolacio.marker @@u %u @@
Icon=com.github.fabiocolacio.marker
Terminal=false
Type=Application
X-GNOME-Gettext-Domain=marker
Keywords=marker;markdown;editor;web;
Name[en_US]=Marker
MimeType=text/x-markdown;
X-Flatpak=com.github.fabiocolacio.marker

格納場所
/home/(自分のユーザー名)/.local/share/applications

再起動

そのアプリをどのように起動していますか?
そのアプリだけの問題ですか? ほかのFlatpakアプリではアイコン登録できますか?

「端末」で以下を実行して、結果を教えてください。

echo $XDG_DATA_DIRS

ls /var/lib/flatpak/exports/share/applications/

flatpak --version

flatpakコマンドのバージョンが 1.0.9以上なら「端末」で

flatpak repair

を実行して改善されるかどうか試してみてください。

#5

ukituriboku による投稿:

コード:

$ echo $XDG_DATA_DIRS
/usr/share/ubuntu:/usr/local/share:/usr/share:/var/lib/snapd/desktop

$ ls /var/lib/flatpak/exports/share/applications/
com.github.fabiocolacio.marker.desktop  org.x.Warpinator.desktop
mimeinfo.cache

アプリケーションを登録するための desktop entry ファイルは作成されています。
その場所をGNOME shell に知らせるのが XDG_DATA_DIRS変数です。正常ならば
XDG_DATA_DIRS=/usr/share/ubuntu:/home/ubuntu/.local/share/flatpak/exports/share/:/var/lib/flatpak/exports/share/:/usr/local/share/:/usr/share/:/var/lib/snapd/desktop
のように flatpak用のパスを含みますが 現在はそうなってないのでアプリケーションメニューから
見えない状態になっています。
XDG_DATA_DIRSをflatpakに合わせて加工するスクリプトが2箇所あります。
次はこれをチェックしてみてください。

cat /etc/X11/Xsession.d/20flatpak

cat /etc/profile.d/flatpak.sh

"cat: 〜 :そのようなファイルやディレクトリはありません" などとエラーになるならば
パッケージ flatpak のインストール時に作られるはずの設定が壊れています。
flatpakを再インストールしてみてください。

sudo apt reinstall flatpak