UbuntuのGnomeデスクトップでしょうか?
そして､物理キーボードは実際に日本語キーボードなのでしょうか?

UbuntuのGnome側の現状認識は下記で確認できます｡
アプリ一覧→｢設定｣→｢地域と言語｣→｢入力ソース｣で
(Mozc)の表示がない｢日本語｣の行が物理キーボードレイアウト｡
ここにUSレイアウトが混入していないか?

もし､(Mozc)の表示がない｢日本語｣の行がないなら､そしてUbuntuインストール間もなければ､
再クリーンインストールでの画面で正しちゃった方が後々の不具合ないと思います｡

再クリーンインストールが面倒ならば､修正でいきたいところですが､検索しても諸説あり｡
UbuntuのGnomeデスクトップは､キーボードレイアウトをGuiで追加削除する設定画面が無かったと思いますので悩ましいところです｡