私のPCがおかしく、何かしらのウイルス等に侵されていないかだけでも知りたいので
もしお構いなければ、この動作が皆さんのUbuntuでも同じなのかだけでもお教えいただければ幸いです。

よろしくお願いいたします。

ryさん　ありがとうございます。

DocumentsやPicturesなどのような標準で存在するフォルダ内のファイルや
/home/ユーザー名/以下にある物も殆どPCを起動した時間になっているようです。

今確認した所、本日は9時半頃にPCを起動したのですが、そのご利用していなくともアクセス日時が変わっていました。
以下に ls -l と ls -ul で帰ってきた情報を一部貼り付けておきます。

$ ls -l
drwxr-xr-x  6 ユーザー名  ユーザー名     12288  6月 11 14:10 Desktop
drwxr-xr-x 16 ユーザー名  ユーザー名     20480  6月  8 13:40 Documents
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名     20480  5月 25 08:27 Downloads
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名      4096 12月  5  2017 Music
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名      4096  6月 11 18:01 Pictures
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名      4096 12月  5  2017 Public

$ ls -ul
drwxr-xr-x  6 ユーザー名  ユーザー名     12288  6月 12 16:01 Desktop
drwxr-xr-x 16 ユーザー名  ユーザー名     20480  6月 12 10:06 Documents
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名     20480  6月 12 10:19 Downloads
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名      4096  6月 12 10:06 Music
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名      4096  6月 12 10:06 Pictures
drwxr-xr-x  2 ユーザー名  ユーザー名      4096  6月 12 10:29 Public

ryさん、ありがとうございます。

13日の朝にPCを起動した時はアクセス日時が変更されませんでした。

ls -ul時
drwxr-xr-x  6 yuu  yuu     12288  6月 12 16:01 Desktop
drwxr-xr-x 16 yuu  yuu     20480  6月 12 10:06 Documents
drwxr-xr-x  2 yuu  yuu     20480  6月 12 10:19 Downloads
drwxr-xr-x  2 yuu  yuu      4096  6月 12 10:06 Music
drwxr-xr-x  2 yuu  yuu      4096  6月 12 10:06 Pictures
drwxr-xr-x  2 yuu  yuu      4096  6月 12 10:29 Public
〜〜〜
drwx------ 10 yuu  yuu      4096  6月 13 09:07 snap

しかし、snapのみ変更と成り、何が何なのかと混乱しております。

ellipticさん、ありがとうございます。

リンク先の内容を読んで漠然とではありますが、そういうものなのだなと勉強になりました。
頑張ってUbuntuに慣れていきたいと思います。
ありがとうございました。