こんにちは。
内蔵SSDにるwindows11、外付けSSDにKubuntuをいれています。
所持している複数の外付けHDDがext4でフォーマットされておりwindowsで扱うには不便なため、それらを別の外付けHDD(ntfs)にKubuntuを使って移したいと思っています。
つまり、外付けSSDからOSを起動し、外付けHDD1(ext4)から外付けHDD2(ntfs)にデータを移すことになります。

やたらとUSBを使うことになりますが、データ破損をする恐れはあるのでしょうか？
rsyncをコピー時のソフトとして使えばチェックサムしてくれるのでファイルシステムが違っても破損したらわかるような気もしますが、どうでしょうか？

そもそも外付けからOSを起動することになにかデメリットはあるのでしょうか？

よろしくお願いします。