ありがとうございます。
PWAというのを知りませんでした。

先程、同じ現象を再現できましたので、ご連絡いたします。

chromeのメニューで「その他のツール」→「ショートカットを作成」というので、ショートカットを作成すると「アプリケーションを表示する」の中にショートカットが作成されました。
このときデスクトップフォルダ内に「chrome-ijcgemodomndceecocleiiglljedlkpd-Default.desktop」というデスクトップ設定ファイルが作成されていました。内容は

#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Version=1.0
Terminal=false
Type=Application
Name=App
Exec=/opt/google/chrome/google-chrome --profile-directory=Default --app-id=ijcgemodomndceecocleiiglljedlkpd
Icon=chrome-ijcgemodomndceecocleiiglljedlkpd-Default
StartupWMClass=crx_ijcgemodomndceecocleiiglljedlkpd

というものでした。


そして、「アプリケーションを表示する」にあるショートカットアイコンも削除することができましたので、お知らせします。

上記にある
/opt/google/google-chrome
はシェルスクリプトファイルで、その中を見ると…と言っても、何が書いてあるのかさっぱりなのですが、

  xdg_app_dir="${XDG_DATA_HOME:-$HOME/.local/share/applications}"
  mkdir -p "$xdg_app_dir"
  [ -f "$xdg_app_dir/mimeapps.list" ] || touch "$xdg_app_dir/mimeapps.list"

という一文があり、/.local/share/applicationsを確認したところデスクトップフォルダにできていたデスクトップ設定ファイルと同じものがありました。
このファイルを削除…して問題になると困るので、とりあえず、拡張子を「.desktop」→「.desktop1」に変更したところ「アプリケーションを表示する」からは削除することができました。

根本的な解決にはなっていないのかもしれませんが、とりあえず、気にならないようにはなりました。
お時間頂きましてありがとうございました。

ありがとうございます。

ありがとうございます。後ほどいじってみます。