アライメントを実行しようとしたら以下のように表示され予期せぬ終了となってしまいました。
色々と調べてみましたが原因がわかりません。ご教授よろしくお願いいたします。

$ ~/variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2 mem -R "@RG\tID:son\tPL:Illumina\tLB:son" ~/variant_call/materials/JG.fa ~/variant_call/materials/HG005_Son.R1.fastq.gz ~/variant_call/materials/HG005_Son.R2.fastq.gz >~/variant_call/intermediate/son.sam
Looking to launch executable "/home/****/variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2.avx2", simd = .avx2
Launching executable "/home/****/variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2.avx2"
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Executing in AVX2 mode!!
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* SA compression enabled with xfactor: 8
* Ref file: /home/****/variant_call/materials/JG.fa
* Entering FMI_search
* Index file found. Loading index from /home/****/variant_call/materials/JG.fa.bwt.2bit.64
* Reference seq len for bi-index = 6134440547
[fread] Unexpected end of file