matsu1129 による投稿:

$ ~/Documents/matsuo/tools/gatk-4.5.0.0/gatk CreateSequenceDictionary --REFERENCE ~/Documents/○○○/materials/JG.fa
のコマンドプロンプトを実行すると
Using GATK jar /home/inf/Documents/matsuo/○○○/gatk-4.5.0.0/gatk-package-4.5.0.0-local.jar
Running:
    java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /home/inf/Documents/matsuo/tools/gatk-4.5.0.0/gatk-package-4.5.0.0-local.jar CreateSequenceDictionary --REFERENCE /home/inf/Documents/matsuo/materials/JG.fa
Error: Invalid or corrupt jarfile /home/inf/Documents/matsuo/tools/gatk-4.5.0.0/gatk-package-4.5.0.0-local.ja

とエラーが出ました。Java８/JDK1.8以降のJavaが必要とのことなので、javaのバージョンを確認すると

最後のgatk-package-4.5.0.0-local.jaはjarが切れちゃった感じでしょうか？
あと、確かにgatkは現在記載していただいたJavaのバージョン以上の物が必要みたいですが、エラーの中ではそんなことは書かれていないような？
記憶違いであれば申し訳ないのですが、求めるバージョンが違うときにはそのようなメッセージが出ていたような気がしています。
なので、もしかしたら以下の2つの問題があるのではないかと個人的に思っています。（違ったらすみません）
①gatk-package-4.5.0.0-local.jarが壊れている
②hellfireさんが言うように違うJavaが使われている

①に関してはgatk-package-4.5.0.0-local.jarのダウンロード/インストールをやり直してみるのがいいかもしれません。

matsu1129 による投稿:

openjdk-17でもJava８/JDK1.8以降という規格は満たしていないのでしょうか。

満たしていたはずです。

kanchi による投稿:

matsu1129 による投稿:

$ ~/Documents/matsuo/tools/gatk-4.5.0.0/gatk CreateSequenceDictionary --REFERENCE ~/Documents/○○○/materials/JG.fa
のコマンドプロンプトを実行すると
Using GATK jar /home/inf/Documents/matsuo/○○○/gatk-4.5.0.0/gatk-package-4.5.0.0-local.jar
Running:
    java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /home/inf/Documents/matsuo/tools/gatk-4.5.0.0/gatk-package-4.5.0.0-local.jar CreateSequenceDictionary --REFERENCE /home/inf/Documents/matsuo/materials/JG.fa
Error: Invalid or corrupt jarfile /home/inf/Documents/matsuo/tools/gatk-4.5.0.0/gatk-package-4.5.0.0-local.ja

とエラーが出ました。Java８/JDK1.8以降のJavaが必要とのことなので、javaのバージョンを確認すると

最後のgatk-package-4.5.0.0-local.jaはjarが切れちゃった感じでしょうか？
あと、確かにgatkは現在記載していただいたJavaのバージョン以上の物が必要みたいですが、エラーの中ではそんなことは書かれていないような？
記憶違いであれば申し訳ないのですが、求めるバージョンが違うときにはそのようなメッセージが出ていたような気がしています。
なので、もしかしたら以下の2つの問題があるのではないかと個人的に思っています。（違ったらすみません）
①gatk-package-4.5.0.0-local.jarが壊れている
②hellfireさんが言うように違うJavaが使われている

①に関してはgatk-package-4.5.0.0-local.jarのダウンロード/インストールをやり直してみるのがいいかもしれません。

matsu1129 による投稿:

openjdk-17でもJava８/JDK1.8以降という規格は満たしていないのでしょうか。

満たしていたはずです。

kanchiさん

最後のgatk-package-4.5.0.0-local.jaはjarが切れちゃった感じでしょうか？
はい、最後のrが切れていました。すいません。

GATK4.5.0.0はつい先日インストールしたばかりなのですが、壊れているってことはあるのでしょうか。GATK4.５.0.0をインストールする前はGATK4.1.7.0と4.4.0.0がインストールされていたのですが同じ結果が返ってきたため、jarファイルが壊れているかと思いGATK4.5.0.0をインストールした次第です。

matsu1129 による投稿:

~/Documents/○○○/tools$ java --version
Unrecognized option: --version
Error: Could not create the Java Virtual Machine.
Error: A fatal exception has occurred. Program will exit.

ロングオプションの--versionを使っているからです。
新しいjava関してはロングオプションでも認識するようになりましたが、古いjavaは以前matsu1129さんがご自身で入力していたようにショートオプションしか認識しません。
複数のバージョンを使う場合には別の方法があるのですが、過去の質問を拝見させていただいたところmatsu1129さんはまだ色々不慣れなようですので可能であれば一度すべてのJAVAを削除してから再度入れ直したほうがいいのではないかと感じたので方法を記載しておきます。

$ dpkg -l | grep '^ii' | grep openjdk # インストールされているjavaの一覧を表示
$ sudo apt purge openjdk* # インストールされているjavaを削除
$ java -version # javaがインストールされていないことを確認
$ sudo apt install openjdk-17-jdk

もしjava -versionを入力した時点でバージョンが表示される場合にはoracle版のjavaがインストールされていると思うので、上記手順を多少変更してoracleのjavaを検索してそちらも削除してください。
また、本来であれば環境変数のJAVA_HOMEという物を設定するのがjavaの筋なのですが、とりあえずは一旦無視して作業を進めて、詰まったらJAVA_HOMEについて調べるのがいいと思います。

最後になりますが、

matsu1129 による投稿:

ふと今思ったのですが、新しいjavaをインストールしたらパスを通さないとダメですか。

パスを通すという意味を簡単に説明すると、環境変数（OSがコマンドを探す場所）にコマンドの場所を登録するという意味です。
java -versionを打った際にコマンドを認識するということは、すでにパスが通っていると言うことです。
javaはそれぞれの別の場所にインストールされるのですが、使用するバージョンのリンクをパスの通った場所に作成することでjavaコマンドで実行できるようになっています。
もしそれぞれのバージョンのリンクを直接環境変数に追加した場合、すべての実行名はjavaとなるため環境変数の先頭に記載されている（最後だったかも？自信ちょっとない。。。）もののみがjavaコマンドで実行されるようになります。

matsu1129 による投稿:

dpkg: warning: while removing openjdk-11-jre-headless:amd64, directory '/usr/lib/jvm' not empty so not removed

これに関してはpackageでインストールされた以外の物が記載されている場所に存在する場合に出るエラーのはずなので、確認をお願いします。
もし自分の必要な物や依存している物が入ってなければ下記コマンドで削除したあとにもう一回purgeコマンドを実行してください。
（packageはすでにアンインストールされている状態になっているかもしれないですが念の為）
$ sudo rm -rf /usr/lib/jvm

matsu1129 による投稿:

もしjava -versionを入力した時点でバージョンが表示される場合にはoracle版のjavaがインストールされていると思うので、上記手順を多少変更してoracleのjavaを検索してそちらも削除してください。
＞sudo apt purge jdk1.7.0_80で合ってますか。

検索した結果が貼られていないのでわかりません。
検索して出てきた物のアンインストールをお願いします。

利用規約に則り、自分は本件の対応を終了させていただきます。