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#1 2024-05-31 14:57:35

matsu1129
メンバ
登録日: 2024-03-05

catコマンドのエラー

$conda config --add channels conda-forge
$conda env create -f gatkcondaenv.yml
$conda activate gatk

でconda環境を構築した後、catコマンドを実行したら

(gatk) inf@inf-PowerEdge-T110-II:~/Documents/○○○/tools/gatk-4.5.0.0/testdata/Tutorial11684$ cat Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list
cat: Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list: No such file or directory

という結果になりました。catコマンドはファイルの中身を表示するだけなので
$ cat Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list
chr20
chrX
chrY

と表示されると思うのですがうまくいきません。Tutorial11684の中にgcnv-chr20XY-contig.listというファイルがあるのは確認しました。これは何が原因でこのようになるのでしょうか。

オフライン

 

#2 2024-05-31 15:08:11

array
メンバ
登録日: 2007-03-13

Re: catコマンドのエラー

catを実行しているディレクトリと園みたいディレクトリが違っていて、パスをちゃんと書いてないんじゃないですか?
中にあるってどうやって確認したんでしょ?Nautilus?

オフライン

 

#3 2024-05-31 16:15:54

matsu1129
メンバ
登録日: 2024-03-05

Re: catコマンドのエラー

array による投稿:

catを実行しているディレクトリと園みたいディレクトリが違っていて、パスをちゃんと書いてないんじゃないですか?
中にあるってどうやって確認したんでしょ?Nautilus?

arrayさん
ご返答ありがとうございます。
現在使用している参考書には
$ cat Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.lis
と書かれていたので何も考えずその通りに記述して実行していました。(参考書が間違っている?ubuntu初心者でありよくわかっていない状況で進めています)

以下のように実行してみるとうまくいきました。
$ cat ~/Documents/○○○/tools/gatk-4.5.0.0/testdata/Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list
chr20
chrX
chrY

ありがとうございました。

オフライン

 

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