私の場合、WineはKindle for PCを使う際に利用していますが、やっぱりエラー（fixmeやerr）がたくさん出ますので無視しています。
エラーについては気にしていません。ソフトが使えなくなった場合は対処法を考えますが...

ちなみに辞書ソフトはLinuxネイティブで動くqolibriを利用しています。EPWING形式の辞書全般を串刺し検索できるので便利です。
qolibriのサイトから辞書ファイルもダウンロードでき....
https://tatsumoto-ren.github.io/blog/our-immersion-learning-toolset.html#qolibri

自己レスです。その後、Longman Dictionary 5 のソフト単体については、別のアプローチで解決しました。

Longman Dictionary 5 には同梱のLinux版があり、古いOSに対応する事から、VirtualBox（最新版＋拡張パック）を使って、ゲストOSのUbuntu10.04LTSで試した所、そのLinux版が問題なく動作しました。