前言撤回します
他OSで確認したところ、Flatpak版入れても文字化けしました

e-fujii による投稿:

si様
早速、回答を頂きありがとうございました。また、何か解りましたらよろしくお願いします。

チョコっと確認した内容です
＊ 私のところで、Ubuntu24.04上にて、文字化けする日本語フォントは、20ヶ中、下記3ッ
　fc-list | grep .local
　　.local/share/fonts/JSMINCHO.TTC: ＪＳ明朝,JSMincho\-Lt, 艩色难銩:style=Regular
　　.local/share/fonts/JSMINCHO.TTC: ＪＳＰ明朝,JSPMincho\-Lt,艩色良难銩:style=Regular
　　.local/share/fonts/07YasashisaAntique.otf: 07やさしさアンチック,07YasashisaAntique,〷苢芳芵芳荁莓荠荢荎:style=Regular
　（07やさしさアンチック以外は、大昔、Unix系OSにフリーの日本語TrueTypeフォントが付属していなかった時代のOS付属のもの（ 1997年製））
　上記、意味不明の 「艩色难銩」等が、Libreでフォント名として表示される
　Proではない、HGxxxは正常表示（たしか、大昔のワープロ付属のもの）
＊今のところ、Libre以外では表示に問題ない
＊Fedoraも42->43にアップグレードすると、正常に表示されるようになった
　　.local/share/fonts/JSMINCHO.TTC: ＪＳ明朝,JSMincho\-Lt:style=Regular
　　.local/share/fonts/JSMINCHO.TTC: ＪＳＰ明朝,JSPMincho\-Lt:style=Regular
　　.local/share/fonts/07YasashisaAntique.otf: 07やさしさアンチック,07YasashisaAntique:style=Regular
＊バージョン比較
　　　　　　　　カーネル　Gnome　fontconfig　libre
　Ubuntu24.04 　6.14.0　　46　　2.15.0-1　　24.2.7.2
　Fedora 43  　　6.17.5　　49　　2.17.0-3　　25.8.2.2
　EndeavourOS  6.17.5　　49　　2.17.1-1　　25.8.2.2
　（archlinux）

fontconfigのバージョン上がれば解決するのかな？ といったところです