システム＞システム管理＞ネットワークでPPP接続を無効にすればいいはずです。手動で起動時にponとかするような設定にしていたら、そっちも無効にしないといけないと思います。

ただ、pppoeconfパッケージを削除しても接続できないということであれば、pppoeconfではなくルータとPCとの接続に関する設定に問題があるんじゃないでしょうか。ifconfigコマンドで正しくIPアドレスが割り当てられているかとか、pingコマンドでルータと接続できているかとかを確認してみてはいかがでしょう。