SkypeはMedibuntuのリポジトリから提供されているので、そのパッケージをLive CDに組み込めば可能だと思います。Customization Kitの使い方も含めたLive CDの作り方は、Ubuntu Weekly Recipeの第二回と第三回で特集されていますのでそちらも参考になさってください。

ただ、現状のLive CDのサイズがギリギリなので何か不要なパッケージを削らないとSkype付きCDを作成するのは難しいかもしれません。