使ったことはありませんが、webmin がGUIで管理できるツールになると思います。
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/314instwebmin.html

サーバ版はGUI環境が入っていないので、コマンドラインでの使用が前途になると思います。もちろんあとからGNOMEやKDEなど追加することもできますが。
また、サーバなのでへたに日本語化するよりそのまま使ったほうが、万が一のリスクも軽減する意味でもよろしいかと。

s_k による投稿:

サーバエディションにXをインストールするには、以下のスレッドを参照すれば問題ないとおもいます。
http://forum.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=1855

管理ツールは、とりあえずGUI環境を入れて試して見るのがいいと思います。基本的にデスクトップエディションと管理ツールのパッケージは変わらないと思うので大体日本語で使えると思います。

>また、サーバなのでへたに日本語化するよりそのまま使ったほうが、万が一のリスクも軽減する意味でもよろしいかと。
→私の経験では、英語が読めないなら日本語環境にしたほうが安全だと思います。仕事でも私用でもよく見かけることですが、「英語でよくわからなかったからYesにした」など適当な理由で危険な設定をする人などいるので。

非オフィシャルで日本語化するとセキュリティアップデートなどが正常に行われなくなる可能性を言っているんじゃないかな？

サーバ版にGUI環境(X)を入れるよりは、最初からデスクトップ版を利用したらいかがでしょうか。
カーネルの違いはありますが、そんなに大きな違いはなかったように思います。
私は、サーバ版にX環境を入れてみたことがありますが、かなり手間ですし、いろいろ入れないといけないですので
結局デスクトップ版を使った方がいいような気がします。

単純にファイルサーバやLAMPとかでしたら、GUIはなくても大丈夫だと思いますよ。
設定項目も少ないですし。
webminも使ったことがありますが、GUI好きな人にはいいと思います。
ユーザの管理とかも簡単ですし。