状況がよくわからないのですが、誰も答えていないようなので。

/lib/iptables/libipt_connlimit.soが存在しないというのが問題なのでしょうか？

/usr/share/doc/iptables/changelog.Debian.gzを読むと、

iptables (1.3.8.0debian1-1) unstable; urgency=low

  * New upstream release
  * The 1.3.7 and 1.3.8 releases combined fix 35 upstream bugs! Reported
    by Fei Xie and fixed upstream. Thanks. closes: #433990
  * extensions removed upstream: TRACE, ROUTE, connlimit, rpc
  * removed extraneous libselinux linking. Reported and fixed by
    Martin Orr. Thanks. closes: #431180
  * fixed numreous manpage speeling and grammer erors. Reparted and fixd
    all up by A. Costa and aspell and gvim. Thx! closes: #410250 #410252
  * removed patches for stuff fixed upstream: recent-man, hashlimit.man,
    iptables-rename-fix, replace-pad_cdir, svn-2006-10-21

-- Laurence J. Lane <[email protected]>  Sat, 28 Jul 2007 19:22:20 -0400

という項目があるので、libipt_connlimit.soがないのは正常のような気がするのですが。それとも他のパッケージから提供されるべきものなのでしょうか？

同じ問題をLaunchpadに登録されている方がいらっしゃいますね。ただ、そのバグレポートには「It is at least present in debian iptables 1.4.0-4」と書いてあるんですけど、Debian sidにある1.4.1.1-1にはそのファイルが見当たらないんですよね。その間に、削除されるべきものが、現時点で削除されてしまっているということなのでしょうか。それとも、sidの最新カーネルにもxt_connlimit.koが存在するみたいなので、Debianにも影響する問題ということでしょうか。

いずれにせよ誰もコメントしていないようなので、より詳しい状況や理由などを上記Launchpadに追記しないと、対応してもらえないかもしれません。