私もubuntu初心者なので間違ったことを言ってるかもしれませんが、前にキーボードの配置がおかしくなった時にこのフォーラムで助けてもらったことがあるので、以下ご参考程度に。

私の場合、x30 に7.10をインストールして、8.04にアップグレードしたのですが、なぜかキーボードが"Latin" の設定にされてしまっていました。
"106,Kana" が正しいみたいなので(日本語キーボードを使用している場合です)、

/etc/X11/xorg.conf

のファイルの中で、キーボードのところの記述が

Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "CoreKeyboard"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "jp106"
Option "XkbLayout" "jp"
Option "XkbVariant" "106,Kana"
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"
EndSection

となっているか確認されてみてはいかがでしょうか?
上が正しい記述みたいです。